Ідэя стварэння Музея гісторыі медыцыны Беларусі належала прафесару Рыгору Рамановічу Кручку — вядомаму гісторыку медыцыны, арганізатару і старшыні Беларускага навуковага таварыства гісторыкаў медыцыны, заснавальніку навуковай школы гісторыкаў медыцыны Беларусі.
Рыгор Раманавіч Кручок нарадзіўся 2 кастрычніка 1918 г. у в. Навасёлкі Барысаўскага р-на Мінскай вобласцi. У 1940 г. ён скончыў Мінскі медыцынскi інстытут, быў удзельнікам Вялікай Айчыннай вайны. У 1944 г. адкліканы з войска для працы ў аднаўленні аховы здароўя Беларусі.
Пераломным у лёсе Рыгора Раманавіча сталася навучанне на гадавых курсах для кіравальнага складу аховы здароўя пры Цэнтральным інстытуце ўдасканалення лекараў у Маскве (1947-1948 гг.). Тут ён пазнаёміўся з выбітнымі навукоўцамі — арганізатарамі аховы здароўя і гісторыкамі медыцыны – М.І. Барсуковым (былы міністр аховы здароўя Беларусі), М.П. Мультаноўскім, П.Е. Заблудаўскай і іншымі, зацікавіўся іх навуковымі пошукамі і сам пачаў займацца навукова-даследчай дзейнасцю. З 1949 г. Кручок пачаў працаваць на кафедры арганізацыі аховы здароўя Мінскага медінстытута, а з 1952 г. узначаліў створаны ім пры кафедры курс гісторыі медыцыны.
Дакладна вызначыць дату заснавання музея досыць складана. Першы прадмет у нашым музеі быў зарэгістраваны ў кнізе паступленняў 8 верасня 1958 г. Гэта быў фотаздымак будынка стацыянара Заастравецкай сельскай участковай бальніцы Мінскай вобласці (здымак 1958 г.). Гэтую дату і прынята лічыць днём арганізацыі Музея гісторыі медыцыны Беларусі. У гэтым сама годзе пры кафедры пачала працаваць музейная група (І.І. Ваксер, М.Н. Краснашчокава), колькасць супрацоўнікаў якой паступова павялічвалася (А.І. Берлін, Ф.А. Сагальчык, Н.Ф. Змачынскі, В. С. Елейнiкава, А.Ф. Пятрова і інш.). Г.Р. Кручок узначальваў музейную групу на грамадскіх пачатках, на гэтых жа ўмовах працаваў і арганізаваны ім Савет музея. У яго ўваходзілі вядомыя навукоўцы Беларусі: Д.П. Бяляцкі, В.П. Грыцкевіч, І.А. Iнсараў (міністр аховы здароўя Беларусі), А.К. Касач, А.І. Міхельсон, Б.Я. Эльберт і інш. Яны ўдзельнічалі ў пасяджэннях таварыства гісторыкаў медыцыны Беларусі, навуковых канферэнцыях, абмеркаванні экспазіцыйных планаў, рэдагавалі выданні музейнай групы (у тым ліку зборнікі «Знамянальныя даты гісторыі медыцыны і аховы здароўя Беларусі»).
У канцы 1950-х гг. сфармаваліся асноўныя кірункі работы музея: збор, навуковая апрацоўка і захоўванне музейных прадметаў, экспазіцыйная, навукова-даследчая і асветніцкая работа. На кожным з наступных этапаў дзейнасці музея адзін з кірункаў яго працы станавіўся галоўным. У пачатковы перыяд галоўным кірункам дзейнасці сталася назапашванне музейных прадметаў. Многія з іх былі атрыманыя супрацоўнікамі пры наведванні медыцынскіх работнікаў, у тым ліку падчас працоўных паездак, частка паступала па пошце ў выніку ліставання. Адным з шляхоў папаўнення фондаў у 1960-я гг. сталася прыцягненне да гэтай дзейнасці студэнтаў. Яны на працягу навучальнага года збіралі ў сярэднім 1500-2500 музейных прадметаў. У выніку гэтай работы да 1970 г. фонды музея налічвалі каля 20 000 адзінак захоўвання, сярод якіх унікальныя медыцынскія інструменты, дакументы, фатаграфіі, друкаваныя выданні. Багатыя фонды дазволілі актыўна займацца экспазіцыйнай працай.
Першая экспазіцыя «Медыцына Беларусі ў пачатку ХХ ст. (1901-1917 гг.)» была адкрытая ў канцы 1965 г. і размяшчалася ў адной з аўдыторый кафедры арганізацыі аховы здароўя. Далей на навучальных плошчах кафедры былі размешчаныя яшчэ дзве экспазіцыі, прысвечаныя медыцыне Беларусі першай паловы ХХ ст.
Экспазіцыі афармлялi мінскія мастацка-афарміцельскія майстэрні. Дарагія афарміцельныя работы фінансаваў Мінскі медыцынскі інстытут (рэктар — прафесар А.А. Ключнік), кiраўнiцтва установы актыўна падтрымвала пачынанні прафесара Г.Р. Кручка. Экспазіцыі былі актыўна запатрабаваныя, яны не толькі выкарыстоўваліся ў навучальным працэсе, але і заўсёды наведваліся супрацоўнікамі інстытута, медыцынскімі працаўнікамі рэспублікі.
З 1973 г. кіраўніцтва музейнай групай ажыццяўлялася старэйшымі навуковымі супрацоўнікамі Антанінай Фёдараўнай Пятровай (1973-1979), затым Паўлам Назаравiчам Свірыдзенка (1980-1985). У гэтыя гады працягвалі развівацца ўсе асноўныя кірункі дзейнасці музейнай групы, але ў меншых аб’ёмах. У 1972 г. група увайшла ў склад Цэнтральнай навукова-даследчай лабараторыі МДМІ, у выніку чаго значна паслабеў звязак з кафедрай арганізацыі аховы здароўя і курсам гісторыі медыцыны. У гэты перыяд быў арганізаваны шэраг буйных стацыянарных выстаў, якія адлюстроўвалі гісторыю Мінскага медыцынскага інстытута, а таксама часовых, прысвечаных медыцыне ў гады Вялікай Айчыннай вайны.
У 1985 г. музейную групу ўзначаліў дацэнт Аляксандр Канстанцінавіч Косач (1985-1989) — вучань Г.Р. Кручка. Ён пачаў працу ў пераўтварэнні музейнай групы ў самастойную ўстанову. Падставай паслужыў загад Міністэрства аховы здароўя СССР ад 07.03.1984 г. «Аб паляпшэнні дзейнасці медыцынскіх музеяў». У адпаведнасці з гэтым загадам міністэрствам аховы здароўя саюзных рэспублік, прапаноўвалася прыняць меры да стварэння музеяў гісторыі медыцыны і ўдасканаленні далейшай працы ўжо існых музеяў. На даручэнне Міністэрства аховы здароўя БССР былі распрацаваныя прапановы ў арганізацыі Музея гісторыі медыцыны рэспублікі. Распрацаваныя мерапрыемствы былі разгледжаныя калегіяй і вучоным Саветам Міністэрства аховы здароўя і да ўстаноўленага тэрміну скіраваныя ў Міністэрства аховы здароўя СССР. Пасля абагульнення матэрыялаў, атрыманых з рэспублік, Міністэрствам аховы здароўя СССР быў выдадзены загад (№ 1401 ад 04.11.1985), які прадугледжваў адкрыццё Музея гісторыі медыцыны і аховы здароўя Беларусі у 1990 г. Трэба адзначыць, што гэтым часам падобныя музеі існавалі ў Латвіі (Рыга), Украіне (Кіеў), Літве (Каўнас) і іншых рэспубліках, і музей гісторыі медыцыны неабходна было стварыць і ў Беларусі. Такім парадкам, рэспубліканскі Музей гісторыі медыцыны Беларусі быў арганізаваны на базе музейнай групы Мінскага медыцынскага інстытута на падставе Загаду Міністэрства аховы здароўя БССР № 57 ад 22.05.1990. Музей быў на самастойным балансе, меў права юрыдычнай асобы і падпарадкоўваўся проста Міністэрству аховы здароўя БССР. На пасаду дырэктара музея была прызначаная Таццяна Георгіеўна Святловiч — выпускніца санітарна-гігіенічнага факультэта Мінскага медыцынскага інстытута. Для вядзення ўсіх раздзелаў музейнай працы былі ўстаноўленыя 9 пасад, у тым ліку пасады дырэктара, галоўнага захавальніка фондаў і 4 навуковых супрацоўнікаў. Музей быў замацаваны ў якасці навуковай базы медінстытута для выкладання гісторыі медыцыны. З першых дзён работы Рэспубліканскага музея гісторыі медыцыны Беларусі галоўным кірункам яго дзейнасці зрабілася падрыхтоўка новых экспазіцый, якія згодна з загадам № 80 ад 27.05.1990 Міністэрства аховы здароўя БССР размясціліся ў Рэспубліканскай навуковай медыцынскай бібліятэцы.
Супрацоўнікамі музея (Т.Г. Святловiч, О.А. Кульпановiч, Т.П. Разуменка, І.В. Панцюк) разам з мастаком П.Н. Драчовым (чалец Саюза мастакоў БССР) была створаная экспазіцыя на тэму «Развіццё медыцыны Беларусі са старажытных часоў да пачатку ХХ стагоддзя». Нястача экспанатаў мінулых стагоддзяў адчувалася над працай для гэтай экспазіцыi. Для аднаўлення гістарычнай карціны развіцця медыцыны ў Беларусі супрацоўнікі музея звярталіся ў дзяржаўныя бібліятэкі і архівы. З дапамогай археолагаў і калекцыянераў была сабраная ўнікальная калекцыя аптэчнага посуду XVIII – пачатку XX стст., гігіенічных прыстасаванняў, медыцынскіх інструментаў. Мастак знайшоў архітэктурна-мастацкае рашэнне, якое дазволіла стварыць дадатковыя экспазіцыйныя плошчы, забяспечыць камернасць успрымання унікальнага гістарычнага матэрыялу. У экспазіцыі шырока выкарыстаныя муляжы, макеты, дыярамы, распрацаваныя натуральныя інтэр’еры, выкананыя копіі ўнікальных дакументаў. Урачыстае адкрыццё экспазіцыі адбылося 28 красавіка 1993 г. У 1994 г. калектыў музея пачаў ствараць наступную экспазіцыю — «Медыцына Беларусі найноўшага часу». У 2005 г. яе замяніла новая экспазіцыя «Медыцына Беларусі ў гады Вялікай Айчыннай вайны».
У пачатку 1990-х гг. пачалося пашырацца міжнародная супраца. З 1994 г. музей ёсць сябрам Еўрапейскай асацыяцыі музеяў гісторыі медыцынскіх навук. У жніўні 1997 г. пад эгідай Еўрапейскай асацыяцыі музеяў гісторыі медыцынскіх навук, пры падтрымцы Міністэрства аховы здароўя Беларусі ў музеі быў праведзены міжнародны навукова-практычны семінар у медыцынскім музеязнаўстве. У працы семінара бралі ўдзел спецыялісты Велікабрытаніі, Латвіі, Літвы, Нідэрландаў, Польшчы, Партугаліі, Расіі, ЗША, Украіны. Супрацоўнікі музея актыўна ўдзельнічалі ў рэспубліканскіх і міжнародных канферэнцыях і з’ездах у гісторыі медыцыны. Трое супрацоўнікаў падрыхтавалі і абаранілі дысертацыі на атрыманне вучонай ступені кандыдата навук.
Нароўні з экспазіцыйнай і навуковай працай вялікая ўвага надавалася фондавай рабоце. З 1995 г. музей перайшоў на камп’ютарны ўлік музейных прадметаў. Улік вядзецца ў адпаведнасці з інструкцыямі Міністэрства культуры Рэспублікі Беларусь. У кастрычніку 2005 г. Мiнiстэрства аховы здароўя прыняло рашэнне аб рэарганізацыі Рэспубліканскага музея гісторыі медыцыны Беларусі шляхам далучэння яго ў склад да Рэспубліканскай навуковай медыцынскай бібліяткi.
Як структурны падраздзел Рэспубліканскай навуковай медыцынскай бібліятэкі, музей працягвае развіваць усе віды дзейнасці.